Mega Man 6’nın hikayesi, Mega Man 5’teki olayların ardından geçiyor. İlk yıllık ‘Robot Masters Turnuvası’, dünyanın en büyük robotik mühendislerinin tasarım yeteneklerini test etmek için düzenleniyor. Turnuvaya sadece ‘Bay’ olarak bilinen bir adam ev sahipliği yapıyor. X’ ve birçok güçlü Robot Ustası katılıyor. Bir pasifist olan Dr. Light, yarışmaya katılmamaya karar verir, ancak robotik kahraman Mega Man’i denetlemesi için gönderir. Etkinliğin sonuna doğru Bay X, sekiz finalist robotu dünyayı ele geçirme teklifini yerine getirmeleri için yeniden programladığını duyurdu: Blizzard Man, Centaur Man, Flame Man, Knight Man, Plant Man, Tomahawk Man, Wind Man, ve Yamato Man ve Mega Man’e başından beri Dr Wily’yi manipüle ettiğini söyler. Dr. Light, Mega Man’e Bay X’in planına bir son vermesini emreder. Mega Man, sekiz Robot Ustasını yok eder, ardından Bay X’in kalesine doğru yol alır. Kötü bilim adamı, Mega Man’in onu takip ettiği ve onu tekrar yendiği yeni bir kale kalesine kaçar. Oyun, Dr. Wily’nin nihayet adalete teslim edilmesi ve cezaevine gönderilmesiyle sona erer.
Kontrolleri etkinleştirmek için önce kutunun içini tıklayın. X ve Z tuşları ile oynayabilirsiniz.
