Mega Man 5, 21. yüzyılda, çılgın bilim adamı Dr. Wily’nin bir kez daha dünyayı ele geçirmeye çalıştığı Mega Man 4 olaylarından yaklaşık iki ay sonra gerçekleşir. Kardeş ve bir zamanlar dünyanın en büyük kahramanı Mega Man’in müttefiki olan Proto Man, dünyaya yönelik bir dizi yıkıcı saldırıda bir robot ordusuna liderlik ediyor. Dünyanın savunucularını sakat bırakmak için kendi yaratıcısı, dahi bilim adamı Dr. Light’ı kaçırır. Mega Man, kardeşinin bunu neden yaptığını merak eder, ancak çok az seçeneği kaldığından onu durdurmak için yola koyulur.
Kontrolleri etkinleştirmek için önce kutunun içini tıklayın. X ve Z tuşları ile oynayabilirsiniz.