Dünya’nın uzay kolonisi Avrasya ile yakın çarpışmasının üzerinden üç hafta geçti. Felaket Zero’nun kahramanlıkları ile önlendi. Şimdi, çürük ve hırpalanmış bir gezegende, çoğalan reploidlerin hikayeleri su yüzüne çıkıyor. Bu gizemleri araştırmak Mega Man X’e kalmış ancak bu kolay olmayacak. Mega Man X, bir seviye labirentinde savaşmalı ve yol boyunca reploidleri kurtarmalı. Seviye haritalarını, düşmanları ve sonları oyunu nasıl oynadığınıza göre rastgele dağıtan yeni Kabus Sistemi ile savaşa tekrar tekrar dönün. Mega man X geri döndü!